O PMBA é dividido em três ambientes (Dulcícola, Costeiro e Marinho) e 24 áreas temáticas. Cada uma delas realiza expedições de coletas e estudos específicos voltadas ao seu campo de atuação. Para isso, é fundamental tornar compreensíveis as pesquisas acadêmicas relacionadas à biodiversidade aquática.
Sendo assim, um dos maiores desafios enfrentados pelo PMBA é padronizar uma série histórica de dados complexos e de fontes diversas para realização de análises estatísticas e apresentar as informações das pesquisas acadêmicas de forma compreensível e interativa para os diferentes atores envolvidos no projeto.